1、建设和运营成本相对较高
(1)单位造价大。与常规的燃煤发电相比，秸秆发电燃料的特点决定了其单位千瓦投资大。
(2)燃料成本高。相比传统燃煤发电，秸秆发电的燃料成本构成更加复杂。秸秆发电燃料成本不仅有秸秆等原料的购买成本，还有占较大比重的加工成本、储运费用以及损耗占燃料成本，农作物秸秆可以经过秸秆颗粒机、秸秆压块机压制成生物质成型燃料，生物质成型燃料主要供生物质电厂燃烧使用。
(3)对秸秆发电的环境价值认识不够，单纯的从直接的投入、产出角度考量秸秆发电项目的成本，没有考虑秸秆发电所带来的环境效益。
(4)秸秆发电项目需要一定的辅助人员，而这些辅助人员主要集中在燃料这部分，使秸秆发电需要较高的运营人工工资和管理成本。
2、产业链还需要进一步完善
(1)能源发展的资源调配问题研究不足。目前国内对于新老能源发展资源调配的研究还存在着空白，使得发展秸秆发电在资源调配领域缺乏理论支持。
(2)人才支撑不够。目前国内缺乏现成可供借鉴的运营企业，各科研单位和院校也没有设置对口的专业，导致缺乏真正熟悉和掌握秸秆发电的人才。
(3)科研和技术支撑不够。秸秆发电技术跨度较大、综合性较强，既涉及到系统的运筹和管理，又涉及到农业、农机，国内从工程设计、基础性科学、机械设备等方面的研究都落后于现在产业的发展水平。
(4)国内与秸秆发电相关的软科学研究落后。对秸秆发电项目的生命周期缺乏认识、判断、评价和控制。
(5)秸秆发电外部性经济分析不透彻。无法得到明晰的秸秆发电外部效应，进而无法为国家政策对秸秆发电项目进行扶持提供支持。
3、存在无序竞争的可能性
秸秆发电产业是典型的“小电厂、大燃料”，燃料供应是生物质发电项目正常运营的前提。中国人多地少，秸秆体积大、重量轻，不适合长距离运输，导致燃料收购、储存和运输均较困难。若项目容量太大或者项目之间规划距离太近，或在以农作物秸秆为原料的造纸、饲养行业发达的地区规划建设生物质发电项目，将会对秸秆发电项目的正常运营造成非常不利的影响。目前，有些省份己出现了一个县（市）布点多个生物质发电项目或规划多台机组的问题。学术界也在积极呼吁，在规划上加强宏观调控。
