相对于秸秆露天焚烧微不足道的好处，其危害却是多方面的，主要表现为：
(1)资源浪费：秸秆露天焚烧浪费了大量的燃料，农作物秸秆是优质能源，是农村能源的重要组成部分，1995年我国农村生物能消耗占农村总能源消耗量的29%．农作物秸秆含有丰富的有机质和氮、磷、钾、镁、硫等多种有机成分，如果进行秸秆还田，是优质有机肥料，中国统计年鉴统计结果显示，2004年中国秸秆含N、P205、K20等总养分达1.753×107 t，相当于同年全国化肥施用量的38%:秸秆含有粗蛋白、粗脂肪、糖、维生素等饲料成分，大量的秸秆露天焚烧，一定程度上影响畜牧业的发展。
(2)环境危害：焚烧秸秆排放出大量的污染物，最主要是颗粒物，其次烟雾中含有NOx、S02、CO、硝酸盐和硫酸盐等污染物，还含有多环芳烃等危害人畜健康的剧毒物质。焚烧所排颗植物一方面以其大的比表面为化学反应提供良好的反应场所，加快了大气化学反应速度，一方面烟尘中的细颗粒物容易进入人畜呼吸器官，并进入肺脏沉积，危害人畜健康。
(3)社会危害：夏季气温高，秸秆焚烧极易引燃周围易燃物质，引发火灾，带来巨大的人身和财产危害。燃烧所排放的烟尘会引起能见度降低，对交通带来很大影响，其中对航空运输影响最大，因烟雾造成航班延误的报道屡见不鲜。能见度的下降还易引发交通事故，高速公路甚至经常为之封闭。
农作物秸秆可以经过秸秆压块机、秸秆颗粒机压制成生物质颗粒燃料，这样不仅可以解决秸秆焚烧问题，而且还可以可以增加老百姓的收入，何乐而不为呢。
(4)破坏农田生态系统：焚烧产生的高温会降低土壤肥力，致使土壤贫瘠化；蒸发土壤水分，破坏土壤墒情；烧死大量微生物，致使农田板结化：破坏农田生物群落，减少生物多样性；影响后茬作物生长，降低作物产量；还可能使某些病虫害更加严重。
华北及华东地区是我国秸秆焚烧活动较为密集的地区，河南、江苏、安徽、山东、河北五省为我国秸秆焚烧最多的五省。由于其特殊地形和气候条件，郑州地区属于秸秆焚烧污染重灾区，2007年6月10日和2009年6月14日，曾分别发生了由秸秆焚烧引起的严重灰霾天气，对河南省秸秆焚烧的环境影响研究比较迫切。
为全面评价秸秆焚烧的环境影响，其所排污染物的传输扩散是一个很重要的方面，进行这方面的研究有很重要的意义。首先，通过秸秆焚烧环境影响的数值模拟，可以为区域大气质量评价提供基础数据，为禁烧措施的指定提供参考；其次，可以对其影响进行量化，更加可观地评价其影响；再次，通过对于秸秆焚烧污染物传输扩散的模拟，可以找出导致城市空气环境恶化的主要气象条件，当这种气象条件在秸秆焚烧期间再次出现时，可以提前对空气质量恶化做出判断，提醒相关部门及人员注意防范；最后，由于可以量化秸秆焚烧污染物的影响，对于秸秆焚烧期间空气质量预报具有很大的参考价值，可以提高预报的准确度。
