一是饲养成本上升过快。受国际油价和粮食价格大幅上涨，以及今年以来低温雨雪冰冻、地震和洪涝灾害的影响，玉米和豆粕等饲料原料价格涨幅较大，水、电、建筑和运输等成本上升较快，畜禽养殖成本大幅提高。2007年6月份全国玉米平均价格为1. 78元／公斤，同比上涨9.0%；豆粕4. 31元／公斤，同比上涨61.6%；育肥猪配合饲料2. 65元／公斤，同比上涨27.9%。按照一头生猪消耗300公斤饲料计算，饲料涨价带动饲养总成本同比上升约15%。一头单产5吨的奶牛年饲养成本增加1800元左右。另外，购买仔猪等费用也大幅上涨，6月份一头20公斤重仔猪价格比去年同期高出约350元。劳动力每日工资从2007年初的30元增加到现在的50元，涨幅超过60%。
二是动物疫病威胁仍然严重。近年来，重大动物疫病隐患仍然是困扰畜牧业发展的重要制约因素。重大动物疫病防控任务依然艰巨，农民对疫情风险的担心仍未消除，养殖信心因此受到一定影响。目前动物疫病防控体系还不够健全，基层乡镇防疫站基础条件差、经费不足的状况没有得到有效改善，防疫员队伍不够稳定。
三是养殖业整体风险加大。随着饲养成本逐步加大，畜禽养殖业高投入、高风险的特点更加明显。除疫病影响外，自然灾害和市场风险也不容忽视。目前，除能繁母猪和奶牛外，其他主要畜禽生产保险体系仍未建立，广大养殖户仍然是养殖业风险的主要承担者。另外，国家对生猪等主要畜禽产品生产的调控措施仍未出台，价格大起大落导致产业波动的风险仍未能得到有效控制。
四是中小饲料企业举步维艰。饲料工业上连种植业，下连养殖业，是养殖业发展的重要物质基础。相对于养殖业来讲，饲料工业的压力和风险更大，特别是中小饲料企业，将面临以下几个方面的压力。
(1)消化饲料原料价格大幅上涨的能力弱。受仓储和资金的制约，中小饲料企业普遍缺乏原料储备能力，在饲料原料价格涨幅高于饲料产品涨幅的情况下，如果持续时间较长，中小企业面临的压力将远远高于大型饲料企业。
(2)融资压力大。与其他行业的中小型企业一样，饲料中小企业在发展过程中仍然面临资金紧缺的压力，凭借自身积累特别是在行业竞争日益加剧的今天，难以满足自身发展的需求，金融贷款受种种条件的限制，在现有的条件下也很难能所突破。
(3)管理挑战多。中小企业发展到一定规模，由于许多企业不能根据企业的发展改变原有的管理模式和管理机构，企业在经营过程中就会在内部滋生问题，原有的管理模式和管理人员往往会成为制约企业进一步发展的因素。我国中小企业的管理困境其实是多方面的，包括管理人员、管理制度、管理理念、管理模式、管理文化等，要保持企业的持续快速发展，中小企业就必须根据自身的变化不断进行管理变革，但实际上大多数企业难以有所突破。
(4)竞争力不强。中小企业发展过程中首先面临的就是产品的竞争。中小企业生产的产品一般比较单一，同质化现象比较严重，质量安全水平与大企业也有一定差距，社会竞争优势不明显。其次是人才竞争。中小企业由于自身条件的限制，往往很难留住所需人才，导致在产品创新方面大大滞后大型企业。第三是信息竞争。大多数中小企业因实力不足或重视程度不够，在信息化建设方面远远落后于大型企业，掌握的信息往往局限于一定的范围，且所需的信息往往也不能及时获得。
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