目前生物质成型机面临的问题有：
1、成型机的种类不少，但真正形成批量生产进入市场的不多，一个机型几年来累计生产销售也就几台到几十台，形不成规模。原因是多方面的。这里有机器售价高(哪里要一台就生产一台，成本降不下来)，质量不过关，维修频繁，销售策略有问题(卖一台就想多赚点，不能薄利多销)。2、市场上见到的机型，大多是作饲料用的，用做生物质颗粒燃料的不多，即真正用作燃料的，也是靠政府补贴用于试验示范的多，市场化运作的少。
3．比较普遍的问题是成型机的质量问题，材质和热处理工艺不过关，三天两头坏，影响用户正常生产，伤透脑筋。
4．成型燃料的售普遍偏高。燃料成本的构成由原料费、机器的折旧、人员工资、电费、维修费、场地费等项组成，再加上利润、运输费，才变成了销售价。现在成型燃料有卖600元，吨、有卖800元，吨的。用户也会算帐，按热值折算，1.4．1.5吨生物质成型燃料和1吨5000—5500大卡，公斤的煤热值相当，如果超过了煤价，用户买生物质成型燃料就会大打折扣，甚至不用。
5.秸秆的收集、储运问题还没有一个好的解决办法。有一个现实的例子，有一个地方的农民秸秆放在地里，他可以一把火点着了，一分不值。可是你要收他的秸秆，少120元/吨不卖。现在有的地方收秸秆到了180元/吨，无形之中增加了成型燃料的成本，售价高了，就影响销售，除非政府财政补贴。松散的秸秆重量轻但占地面积大，不可能长途运输，否则成本增加，储藏除非有大的场地。这些现实的问题应有一个妥善的解决办法才行，否则成型机质量再好，这些管理问题不解决也不能推广应用。
6．普遍是工人操作环境差。不管大机组还是小机组，秸秆原料没有经过预处理，土、灰都夹杂在散碎的秸秆物料中，加工过程中灰尘飞扬，操作环境很差。解决这个问题不难，但是成本又要增加。
