(1)组分利用单一 即只强调单一纤维素组分的利用，其他组分作为废弃物，既造成环境污染和资源浪费，又严重影响其他组分转化利用，如：秸秆气化中的焦油问题；热裂解液化中产生大量酸性物质的问题；酶解纤维索中木质素机械屏蔽及纤维索酶无效吸附的问题等。其主要原因是缺乏秸秆及木质纤维素组分合理有效的拆分方法。
(2)转化方法单一 由于缺乏天然固相有机物料分层多级利用的理念，生物法或热化学法都无法实现秸秆及木质纤维素的纤维素、半纤维素和本质索三组分的同时利用，需要在适用于固相复杂物料过程工程理论上有新的重大拓展，带动秸秆转化关键过程的突破。
(3)秸秆及木质纤维素酶解效率低 由于纤维素酶解转化的环境友好等优势，该法是研究的焦点。纤维素酶及其纤维紊酶降解已经有100多年的历史，但纤维素酶水解难，纤维素酶解发酵效率低，纤维素酶的分子转换率较淀粉酶低两个数量级。问题在于，缺乏获得高效纤维素酶发酵菌株的有效途径。应该强化纤维素酶解分子动态构效关系的基础研究，进而为分子定向选育提供新途径。
(4)技术陈旧 目前基本上是套用或沿用已有淀粉发酵和木材的技术，缺乏系统技术集成和相配套技术的研究。如在原料预处理上，套用造纸工业的污染技术或酶水解的传统技术，造成原料预处理费用高和环境污染；在纤维素酶和酒精发酵上套用淀粉发酵酒精的工艺和设备，使得纤维素酶的用量大，酒糟转化效率低，投资大，酒精直接生产成本高。
农作物秸秆可以经过秸秆颗粒机、秸秆压块机压制成生物质成型燃料，生物质成型燃料是未来替代煤等化石能源最佳的选择。
总之，研究工作大多仍集中在秸秆的简单利用技术层面上，缺乏基础性、整体性和系统性，造成我国秸秆的利用技术含量低，转化的产品长期面临一系列技术和质量问题。
